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學校現有19所臨床醫學院暨附屬醫院，包括首都醫科大學宣武醫院(第一臨床醫學院)、附屬北京友誼醫院(第二臨床醫學院)、附屬北京朝陽醫院(第三臨床醫學院)、附屬北京同仁醫院(第四臨床醫學院)、附屬北京天壇醫院(第五臨床醫學院)、附屬北京安貞醫院(第六臨床醫學院)、附屬復興醫院(第八臨床醫學院)、附屬北京佑安醫院(第九臨床醫學院)、附屬北京胸科醫院(第十臨床醫學院)、北京三博腦科醫院(第十一臨床醫學院)、附屬北京地壇醫院(第十二臨床醫學院)、附屬北京兒童醫院(兒科醫學院)、附屬北京口腔醫院(口腔醫學院)、附屬北京安定醫院(精神衛生學院)、附屬北京婦產醫院(婦產醫學院)、附屬北京中醫醫院(中醫藥臨床醫學院)、附屬北京世紀壇醫院(腫瘤醫學院)、中國康復研究中心(康復醫學院)和附屬北京康復醫院(北京康復醫學院)，以及預防醫學教學基地(北京市疾病預防控制中心)。學校還設有37個臨床專科學院、專科學系。URZ校園資訊網

學校學科力量雄厚。現有8個國家重點學科，2個國家重點(培育)學科，56個國家臨床重點專科(含中醫)，14個國家中醫藥管理局重點(培育)學科，4個北京市一級重點學科，6個北京市二級重點學科，1個北京市重點交叉學科，2個北京市一級重點建設學科，6個北京市二級重點建設學科，1個北京地區高等學校學科群。3個國家臨床醫學研究中心,1個省部共建國家重點實驗室培育基地，3個教育部重點實驗室，1個教育部省部共建重點實驗室，32個北京市重點實驗室。有8個一級學科博士學位授權點和11個一級學科碩士學位授權點;按照三級學科統計，有59個博士學位授權點和78個碩士學位授權點。有9個博士后科研流動站。URZ校園資訊網

學校本專科專業齊全，設置的七年制專業中有臨床醫學(包括兒科方向)和口腔醫學;本科專業中有臨床醫學、基礎醫學、口腔醫學、預防醫學、藥學、中醫學、中藥學、護理學、生物醫學工程、假肢矯形工程、康復治療學、公共事業管理(衛生管理)、醫學實驗技術、法學(衛生法學)、臨床藥學、醫學檢驗技術等16個專業。高職高專教育設有護理、醫學檢驗技術、藥學等14個專業。現有全日制在校生10132人，其中研究生2943人，長學制學生1559人，本科生3214人，高專高職生1983人，留學生433人;成教學生4654人。學校培養醫學與醫學相關學科的學術型和應用型人才，形成了全方位、多層次、創新型人才培養模式。URZ校園資訊網