學校目前有浦東新區(qū)滬城環(huán)路校區(qū)、楊浦區(qū)軍工路校區(qū)、楊浦區(qū)民星路校區(qū)3個校區(qū)，根據(jù)上海高校布局結(jié)構(gòu)調(diào)整規(guī)劃，學校于2008年整體搬遷至上海臨港新城辦學，主校區(qū)滬城環(huán)路校區(qū)占地約1600余畝，規(guī)劃建設(shè)面積58.6萬平方米。此外，在上海市浦東新區(qū)、浙江省象山縣建有兩個科研教學基地和洋山港海洋生態(tài)系統(tǒng)野外科學觀測。leB校園資訊網(wǎng)

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學校辦學條件優(yōu)良，教學實驗室和專業(yè)實驗室設(shè)施齊備。擁有國家遠洋漁業(yè)工程技術(shù)研究中心、國家水產(chǎn)實驗教學示范中心和上海海洋國家大學科技園；擁有教育部水產(chǎn)種質(zhì)資源創(chuàng)新與利用重點實驗室、大洋漁業(yè)資源可持續(xù)開發(fā)省部共建重點實驗室等教育部重點實驗室；擁有淡水水產(chǎn)種質(zhì)資源與利用、水產(chǎn)品貯藏保鮮風險評估等農(nóng)業(yè)部重點實驗室；擁有國家水生動物病原庫、團頭魴遺傳育種中心、魚類營養(yǎng)與環(huán)境生態(tài)研究中心、中國漁業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略研究中心、淡水水產(chǎn)品加工技術(shù)研發(fā)分中心、冷庫及制冷設(shè)備質(zhì)量監(jiān)督檢驗檢測中心、遠洋漁業(yè)培訓中心等農(nóng)業(yè)部重點基地平臺；學校擁有4個上海市工程技術(shù)研究中心、1個上海市高校重點實驗室、1個上海高校工程技術(shù)研究中心和1個上海高校水產(chǎn)養(yǎng)殖E-研究院等；建有國際海洋研究中心、中美（SHOU－NOAA）海洋遙感及漁業(yè)信息研究中心、淡水魚加工利用研究室等一批國家合作平臺。leB校園資訊網(wǎng)

學校建有上海海洋大學海洋科學研究院，下設(shè)數(shù)字海洋研究所、海洋藥物系統(tǒng)及神經(jīng)科學研究所、海洋藥物與健康食品研究所、海洋政策與法律研究所，海洋漁業(yè)遙感GIS技術(shù)實驗室、海洋生態(tài)系統(tǒng)與環(huán)境實驗室、中美海洋遙感及漁業(yè)信息研究中心、海洋經(jīng)濟研究中心、海洋文化研究中心等研究機構(gòu)。建有農(nóng)業(yè)研究院、公共管理研究所、中國魚文化研究所、外國語言研究所及博物館，擁有國內(nèi)外聞名的魚類研究室、標本室，同時學校在全國各地有50多個教學實踐基地。擁有現(xiàn)代化的校園網(wǎng)絡(luò)，并建有服務(wù)我國水產(chǎn)行業(yè)的中國水產(chǎn)網(wǎng)。學校圖書館現(xiàn)有紙質(zhì)圖書約120萬冊，電子圖書約70萬冊，數(shù)據(jù)庫30余個，圖書突出學校的海洋、水產(chǎn)、食品特色。由學校承辦的《水產(chǎn)學報》、主辦的《上海海洋大學學報》被列為中文核心期刊、中國科技核心期刊和中國科技論文統(tǒng)計源期刊，《水產(chǎn)學報》獲第一、二屆“百種中國杰出學術(shù)期刊”稱號。學校是上海市水產(chǎn)學會、上海市食品學會、上海市漁業(yè)經(jīng)濟研究會和上海市延安精神研究會掛靠單位。leB校園資訊網(wǎng)